Minamiuonuma có khí hậu cận nhiệt đới ẩm (Köppen Cfa): mùa hè nóng, ẩm ướt và mùa đông lạnh, lắm tuyết rơi. Nhiệt độ trung bình năm ở Minamiuonuma là 11,3 °C. Lượng mưa trung bình năm là 1865 mm, tháng 9 là tháng ẩm ướt hơn cả. Nhiệt độ chạm đỉnh vào mùa hè, ở ngưỡng 24,3 °C, và tụt đáy vào tháng 1, tại mức -1.1 °C.[2]